液相自動進樣器的故障容易被發現，有時液相色譜儀系統出了故障而不能確定是否是進樣器故障，可以用手動進樣幾次，或用一臺好的液相自動進樣器代替，如排除了故障，說明液相自動進樣器有了問題。不同廠商的液相自動進樣器差異很大，除一些共性故障外，較好查閱操作手冊。
除液相自動進樣器機械、控制系統可能出現故障外，在操作及方法學方面也可能出現相應的問題，這里主要根據液相自動進樣器的設計特點，對試驗過程中可能出現的問題進行說明。
一、滯后體積
液相色譜儀中滯后體積是指流動相混合器到柱頭的體積，包括溶劑混合器和混合器到柱頭之間連接管的體積，對于低壓混合系統，也包括泵體積。滯后體積較大可能導致實驗的重復性差、方法移植困難。通常的HPLC系統中，滯后體積一般在0.2mL～5mL之間，主要取決于裝置的設計。
滯后體積中較重要的部分為液相自動進樣器的定量環體積。只有定量環體積小于100μL時，其對滯后體積的影響才可以近似不計。當定量環體積較大時，這種影響將表現出來。例如，采用50μL的定量環時滯后體積為300μL，如果改用1mL定量環，滯后體積將變成1250μL，這種變化直接影響到色譜分離結果。在實際分離過程中，采用的色譜柱較細時，必須考慮滯后體積的影響，解決的辦法為更換較小的定量環，減小滯后體積。
二、樣品瓶過滿
如果樣品瓶過滿，在瓶蓋較緊、進樣量較大的情況下，可能會導致進樣重復性變差。其原因為樣品瓶中的樣品被抽出時，蓋緊的瓶蓋不能使空氣及時進入，造成部分真空。由于這種真空作用，注射器不能夠吸取足夠量的樣品體積。在的情況下，對于揮發性稀溶液樣品，針內甚至會出現氣泡，影響分析工作的正常進行。
有些液相自動進樣器采用加排空針的方法克服這一問題，但這種方法并不常用。較簡單的解決辦法為不要使樣品瓶過滿。一般裝樣量在樣品瓶的1／2到3／4之間較為適宜。
三、進針深度的調節
樣品量足夠多時，不必考慮這一問題。但對于痕量分析而言，進針深度的調節問題將較為突出。理想的情況下可以使進針深入到接近樣品瓶底部，這樣可以較大限度地利用樣品。當可用的樣品體積有*，可以采用微量樣品瓶以增加給定體積樣品的相對深度。如果進針過深，可能插入樣品瓶的底部，甚至導致針尖阻塞。如果進針深度不足，樣品只及針尖部分，針將不能抽取足夠量的樣品，部分空氣取而代之。
對于進針深度的調節，一般采用機械或電動的方法，目前大部分廠商可以在液相色譜儀色譜工作站上設置。無論采用哪種方法，實驗之前都必須認真調節，更換樣品瓶類型時還需要重新調整。
